Optitype使用

Author: uudc

August undefined, 2024

WebMay 31, 2024 · Precision HLA typing from next-generation sequencing data - Issues · FRED-2/OptiType WebJan 8, 2015 · NGS-based HLA typing algorithm. Image. Pulls 10K+ Overview Tags. OptiType. Precision HLA typing from next-generation sequencing data. Authors: András Szolek, Benjamin Schubert, C

基于DNA或RNA的NGS数据进行HLA分型 - Zhongxu blog

WebJan 8, 2015 · 目前有两种方式来安装 Optitype ： 1、基于docker. 如果有docker，那就比较简单了，直接：docker pull fred2/optitype. 然后执行：docker run -v … http://www.yucebio.com/NewsInformation/Inner/419 inbound foundation inc

lohhla检测HLA区域LOH - 生物信息文件夹 - GitHub Pages

WebUsage. To see the list of available tools, simply enter arcasHLA.To view the required and optional arguments for any of the tools enter arcasHLA [command] -h.. extract: Extracts reads mapped to chromosome 6 and any HLA decoys or chromosome 6 alternates.; genotype: Genotypes HLA alleles from extracted reads (no partial alleles).; partial: … WebSep 10, 2024 · Optitype :只对ABC进行分型，据报道准确率较高，开发团队贴心地提供了在线版本。使用效果是对ABC的分型结果不错，目标区域测序数据分析耗时在1小时左右。幸 … inbound food truck

HLA分型软件Optitype - 生物信息文件夹 - GitHub Pages

Optitype进行HLA分型的尝试码农家园

Web我们首先使用 HLA-HD、Athlates 和 OptiType 对 HLA 的 I 型和 II 型共计 12 个标准品分析，具体结果见表 3。HLA-HD 和 Athlates 比 OptiType 的 HLA I 型分型更加准确，两者仅 … WebJan 18, 2024 · I tried to install optitype as follow: conda install -c bioconda optitype I got the message: Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. incipient wetness 含浸WebInteractive jobs should be used for debugging, graphics, or applications that cannot be run as batch jobs. Allocate an interactive session and run the program. Sample session (user input in bold ): [user@biowulf]$ sinteractive --cpus-per-task 4 --gres lscratch:10 salloc.exe: Pending job allocation 46116226 salloc.exe: job 46116226 queued and ... inbound format

"WebJun 7, 2024 · For example, OptiType drops alleles that are not present in HLA databases, and HLAProfiler only selects the top n pairs by proportion of explained reads. Taking inspiration from HISAT-genotype, arcasHLA uses allele transcript quantification combined with culling of low-support alleles to narrow down the pool of possible alleles, thereby ... " - Optitype使用

Optitype使用

WebMay 10, 2024 · 需要注意的是，在使用view命令时，虽然也可以直接提供一个bed格式的文件来挑选特定区域的reads,但是这种用法不会利用到bam文件的索引，所以速度很慢。对于全基因组数据，bam文件很大，上述写法虽然冗长，但是执行效率高。 2. 挑选没比对上的reads Web我们也做了一些原创性工作，在测试时发现OptiType有时会运行错误，便开发了一个补丁来解决这个问题，让OptiType能够稳定运行得到分型结果。另外，我们还基于打分策略开发了一个工具，整合肿瘤和对照样本的多个分型工具的分型结果，让分型准确性达到99.9% ...

Did you know?

WebOct 11, 2024 · Optitype. 软件安装. 最开始尝试使用docker，无奈悲剧的失败，发现bioconda有这个软件的，于是上conda，感觉比docker更方便呢。还有一个好处 … WebJun 14, 2024 · optitype需要先利用razers3先过滤一下reads，把和HLA相关的序列提出来，然后在运行optitype进行分型，从而加快分析速度。第一步，Razers3 1

Web4.使用optitype进行分型: OptiTypePipeline.py -i input_1.fastq input_2.fastq --rna -v -o /path/to/output/dir/. 详细参数说明请参照之前的文章生科院的老张：服务器singularity安 … WebDec 16, 2024 · conda install optitype 或者 docker pull fred2/optitype. 在使用OptiType进行HLA分析之前，建议先过滤出待分析序列中的HLA序列，这将能节省程序的运行时间，官方推荐使用RazerS3来进行比对，不过该软件会将序列读入到内存中，所以需要机器内存比较大。

WebJan 8, 2015 · OptiType is a novel HLA genotyping algorithm based on integer linear programming, capable of producing accurate 4-digit HLA genotyping predictions from … WebApr 14, 2024 · Optitype的运行需要python2（我实测使用python3也能成功运行），RazerS，samtools，HDF5，CPLEX（由于CPLEX是个商用软件，建议使用GPLK代 …

WebJan 8, 2015 · OptiType is a novel HLA genotyping algorithm based on integer linear programming, capable of producing accurate 4-digit HLA genotyping predictions from …

WebApr 25, 2024 · 其中HLA分型可使用Optitype、Polysolver、HLA-HD、HLAscan、seq2HLA等获得。从我目前的使用感受来说，数据量比较小的时候用Optitype，数据量大的时候 … inbound freight accountingWebAug 20, 2014 · OptiType (v1.3.3) [37] was performed on germline pairedend whole-genome sequencing fastq files after fishing for HLA reads at 95% identity, taking only the top match with razers3 (v3.5.8) [38 ... inbound formWebOct 11, 2024 · Optitype软件安装最开始尝试使用docker，无奈悲剧的失败，发现bioconda有这个软件的，于是上conda，感觉比docker更方便呢。还有一个好处是，win10家庭版不 … incipio bar groupWebSep 10, 2024 · Optitype :只对ABC进行分型，据报道准确率较高，开发团队贴心地提供了在线版本。使用效果是对ABC的分型结果不错，目标区域测序数据分析耗时在1小时左右。幸亏有在线版，自行编译安装，bioconda安装和docker都会报错。 ... incipiently definitionWebOptitype 软件安装. 最开始尝试使用docker，无奈悲剧的失败，发现bioconda有这个软件的，于是上conda，感觉比docker更方便呢。还有一个好处是，win10家庭版不支持docker，要想支持得修改注册表一通操作，太麻烦了。 incipient wetness method catalyst preparationWeblinux-64v1.3.2. noarchv1.3.5. conda install. To install this package run one of the following:conda install -c bioconda optitype. conda install -c "bioconda/label/cf202401" … incipient-wetness impregnation methodWebNGS-based HLA typing algorithm. Container. Pulls 10K+ Overview Tags. Dockerfile ################################################################# # Dockerfile ... incipio bluetooth speaker user manual